Dadas as características da actividade, a sua execução em condições ambientais e de segurança adequadas é essencial, em ordem a garantir a segurança quer da empresa quer do meio ambiente. Na empresa existe um conjunto de práticas e de documentação de segurança que consubstanciam a gestão de segurança de forma eficaz.

A Eco-Oil tem implementado um Plano de Emergência Interno, distribuído pelas autoridades competentes (Protecção Civil, Bombeiros, Administração e Capitania do Porto de Setúbal).

Face à natureza da actividade principal, está também implementado um Plano de Protecção de Instalação Portuária, aprovado pelo IPTM (Instituto Portuário e dos Transportes Maritimos), de acordo com o Regulamento (CE) 725/2004.

A empresa possui um Manual de Protecção contra Explosões de acordo Directiva 94/9/EC (Directiva ATEX – relativa aos cuidados a ter com a instalação de equipamentos em ambientes com risco de explosão). Foi transcrita para a legislação portuguesa pelos Decretos-Lei n.º 112/96 e n.º 262/2003.

A saúde dos trabalhadores é assegurada pela implementação de práticas de protecção individual, formação relativa à actividade exercida e inspeções regulares por empresa exterior especializada.